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LOC_000QFUF.1

unknown/956/unknown
E. B. Melian, E. Hinzman, T. Nagasaki, A. E. Firth, N. M. Wills, A. S. Nouwens, B. J. Blitvich, J. Leung, A. Funk, J. F. Atkins, R. Hall, A. A. Khromykh, V. F. Yamshchikov, G. Wengler, A. A. Perelygin, M. A. Brinton, R. W. Compans & E. Castle

National Center for Biotechnology Information, NIH

Sample details

Earliest release date
1993-08-03
Isolate name
956

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-05-22 14:38insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

INSDC

NCBI release date
1993-08-03
NCBI update date
2019-08-01
INSDC accession
BioProject accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
NC_001563.2
Submitting group
Date submitted
2026-05-22 14:37:53 UTC
Date released
2026-05-22 14:55:08 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Alignment and QC

Total SNPs
2189
Total inserted nucs
10
Total deleted nucs
77
Total frame shifts
1
Frame shifts
NS4B:31-33(nt:7006-7014)
Length
10962 (100%)
Amino Acid Mutations from founder clade
  • 2K:S19G
  • NS1:G292E
  • NS2A:L14M
  • NS2B:V41A
  • NS4A:G18V
  • NS4A:A55V
  • NS4B:S14G
  • NS4B:K20R
  • NS4B:A100V
  • NS4B:A149V
  • NS4B:M177I
  • NS4B:T241M
  • NS5:V207I
  • NS5:R403G
  • NS5:I532V
  • NS5:V790A
  • env:K71R
  • env:N154K
Variant
True

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • A82G
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • G186A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
Deletions

1428-1439, 6994-6996, 10393-10410, 10418, 10422-10444, 10457-10462, 10467-10470, 10487-10494, 10904, 10921
Insertions

ins_7005:GTTGA, ins_7014:A, ins_10483:GAT, ins_10501:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M15L
  • 2K:S19G

NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M
  • NS1:I194V

NS2A

  • NS2A:L14M
  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K

NS2B

  • NS2B:S61T
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

NS3

  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS3:E439D

NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:G18V
  • NS4A:A55V
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:S14G
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:I21P
  • NS4B:A100V
  • NS4B:T116A
  • NS4B:A149V
  • NS4B:I168V
  • NS4B:M177I
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T
  • NS4B:T241M

NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:L197T
  • NS5:V207I
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

env

  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:N154K
  • env:Y155I
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208E
  • env:T210S

prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
Deletions

NS4B

NS4B:28-30

env

env:156-159
Insertions

NS4B

ins_NS4B:22:ARETTLG

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