This is a demonstration environment. It may contain non-accurate test data and should not be used for real-world applications. Data will be deleted regularly.

LOC_000Q1WR.1

Italy/LOC_000Q1WR.1/2018
G. Zaccaria, D. Malatesta, L. Jurisic, M. Marcacci, G. Di Teodoro, A. Conte, L. Teodori, F. Monaco, V. Marini, C. Casaccia, G. Savini, A. Di Gennaro, E. Rossi, V. D'Innocenzo, N. D'Alterio, A. Lorusso, A. Polci, M. Ancora, M. Di Domenico & G. Mencattelli

Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise 'G. Caporale', Animals Foreign Diseases

Sample details

Collection date
2018
Earliest release date
2022-08-09
Sampling location
Italy
Isolate name
2018.TE.19411_B

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-02-23 00:20insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

INSDC

NCBI release date
2022-08-09
NCBI update date
2022-08-09
INSDC accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
MW862101.1
Submitting group
Date submitted
2026-02-23 00:20:09 UTC
Date released
2026-02-23 00:32:56 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Alignment and QC

Total SNPs
2146
Total inserted nucs
6
Total deleted nucs
21
Length
10305 (93.6%)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • G261A
    • Deletions

    6994-6996, 10393-10410
    Insertions

    ins_7006:TTGAGA

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T

    • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

    • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

    • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T433I

    • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

    • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

    • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

    • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

    • env

  • env:A51T
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  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S

    • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
    • Deletions
    N/A
    Insertions

    NS4B

    ins_NS4B:31:N

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    Create GitHub issue