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LOC_000M6ER.1

Netherlands/3250918001.Netherlands.Coloeus_monedula.2025/2025-09-15
H. Graham, K. Streng, P. de Best, J. Spitzen, E. Dieterman, M. Holwerda, E. Lizarazo, B. Oude Munnink, M. Uiterwijk, C. Reusken, J. van der Beek, H. van der Jeugd, V. Visser, M. Schrama, M. Welkers, H. Sprong, M. Koopmans, A. Stroo, L. van den Wollenberg, J. van den Brand, R. Sikkema & M. Braks

ErasmusMC, Rotterdam

Sample details

Collection date
2025-09-15
Earliest release date
2026-08-27
Sampling location
Netherlands (Noord-Brabant)
Isolate name
3250918001.Netherlands.Coloeus_monedula.2025

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

INSDC

NCBI release date
2026-08-27
NCBI update date
2026-08-28
INSDC accession
BioProject accession
BioSample accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OZ538062.1
Submitting group
Date submitted
2026-09-04 15:28:51 UTC
Date released
2026-09-04 15:50:00 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Alignment and QC

Total SNPs
2193
Total inserted nucs
36
Total deleted nucs
15
Total unknown nucs
147
Length
10939 (97.7%)
Amino Acid Mutations from founder clade
  • NS1:K44R
  • NS1:I245V
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V119I
  • NS3:K11R
  • NS3:K215R
  • NS3:H249P
  • NS4B:S14G
  • NS4B:V23T
  • NS4B:-28L
  • NS4B:-29G
  • NS4B:-30V
  • NS4B:T48A
  • NS5:K190R
  • NS5:R403G
  • NS5:K503T
  • env:K71R
  • env:K399R
Variant
True

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • G261A
Deletions
6994-6996, 10467-10470, 10485-10490, 10904, 10921
Insertions
ins_7006:TTGAGA, ins_10408:TGTATTGAGT, ins_10417:GTTGTAGTGTTTA, ins_10452:AGA, ins_10461:AG, ins_10501:AT

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M15L

NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M

NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V119I
  • NS2B:V120I

NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:A233S
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS3:E439D
  • NS3:V450I

NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:S14G
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T48A
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

env

  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159T
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T

prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
Deletions
N/A
Insertions

NS4B

ins_NS4B:31:N

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