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Display Name: Italy/LOC_000LSPN.1/2023-08-11
Monaco, F.; Valleriani, F.; Teodori, L.; Amatori, G.; Marcacci, M.; Savini, G.

Submission details

Submission ID
PP104352.1
Date submitted
2024-12-02 15:57:48 UTC
Date released
2024-12-02 16:04:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Istituto Zooprofilattico Sperimentale 'G. Caporale', Viral Foreign Deseases of Animals

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.12%
Frame shifts
NS2A:122-124(nt:3889-3895)
Length
10919
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
30
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
17
Total SNPs
2212
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
EmiliaRomagna
Collection country
Italy
Collection date
2023-08-11
Collection date (lower bound)
2023-08-11
Collection date (upper bound)
2023-08-11
Isolate name
TE.21954.1.1

Host

Host name scientific
Culex pipiens
Host taxon id

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-02-02
NCBI update date
2024-02-02

Lineage

Lineage
2

Nucleotide mutations

Substitutions

  • C52T
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • Deletions
    3885-3888, 6994-6996, 10447-10449, 10457-10462, 10467-10470, 10487-10494, 10904, 10921
    Insertions
    ins_10426:AAT, ins_10483:GTT, ins_7006:TTGAGA, ins_10501:T, ins_3895:AATG

    Amino acid mutations

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L
  • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:F46L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V
  • NS2A:R188K
  • NS2A:S192C
  • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I
  • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A
  • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L180M
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T
  • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K
  • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108I
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A
  • env

  • env:A51T
  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
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  • env:S122T
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  • env:V159T
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  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
  • Deletions
    NS2A:121
    Insertions
    ins_NS4B:31:N