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LOC_000KBN7.1

Display Name: LOC_000KBN7.1
L. Lu, F. Zhang, B. B. Oude Munnink, E. Munger, R. S. Sikkema, S. Pappa, K. Tsioka, A. Sinigaglia, E. Dal Molin, B. B. Shih, A. Guenther, A. Pohlmann, M. Beer, R. A. Taylor, F. Bartumeus, M. Woolhouse, F. M. Aarestrup, L. Barzon, A. Papa, S. Lycett, M. P. G. Koopmans & S. Riccetti

Sample details

Collection date (upper bound)
2023-02-15
Earliest release date
2023-02-15

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2025-12-19 17:43insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
University of Edinburgh, Usher Institute

INSDC

NCBI release date
2023-02-15
NCBI update date
2023-02-15
INSDC accession

Alignment and QC metrics

Length
10328
Total SNPs
2143
Total inserted nucs
6
Total deleted nucs
21
Total ambiguous nucs
0
Total unknown nucs
0
Total frame shifts
0
Completeness
93.78%
Total stop codons
0

Submission details

Submission ID
OP561458.1
Submitting group
Date submitted
2025-12-19 17:43:39 UTC
Date released
2025-12-19 18:00:37 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • G261A
    • Deletions
    6994-6996, 10393-10410
    Insertions
    ins_7006:TTGAGA

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T

    • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

    • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

    • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E

    • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

    • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

    • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

    • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

    • env

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  • env:T205S
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  • env:T210S

    • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
    • Deletions
    None
    Insertions
    ins_NS4B:31:N

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