This is a demonstration environment. It may contain non-accurate test data and should not be used for real-world applications. Data will be deleted regularly.

LOC_000KBN7.1

Russia/LOC_000KBN7.1/2020-01-01
A. S. Antonov, E. F. Avdiusheva, D. V. Ustinov, M. P. Izhberdeeva, N. V. Boroday, D. N. Luchinin, A. Y. Machneva, E. A. Gusev, E. V. Molchanova & I. M. Spak

Volgograd Plague Control Research Institute, Laboratory of bioinformatics

Sample details

Collection date
2020
Earliest release date
2023-04-10
Sampling location
Russia (Volgograd)
Isolate name
Volgograd 5/20

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-03-26 14:51insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

INSDC

NCBI release date
2023-04-10
NCBI update date
2023-04-10
INSDC accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
OP345106.1
Submitting group
Date submitted
2026-03-26 14:51:32 UTC
Date released
2026-03-26 15:16:11 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Alignment and QC

Total SNPs
2230
Total inserted nucs
34
Total deleted nucs
13
Total frame shifts
1
Frame shifts
NS4B:31-33(nt:7006-7014)
Length
11044 (99.9%)
Amino Acid Mutations from founder clade
  • NS2A:I49V
  • NS3:I162M
  • NS3:H249P
  • NS3:S334T
  • NS4A:P100S
  • NS5:H18Y
  • NS5:T197I
  • NS5:V230I
  • NS5:E370A
  • NS5:R837K
  • env:T159M
  • env:S199N
  • prM:S73P
Variant
False

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • C55T
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • G186A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216G
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
Deletions

6994-6996, 10487-10494, 10904, 10921
Insertions

ins_7005:GTTGA, ins_7014:A, ins_10408:TGTGTTGAGT, ins_10417:GCTGTAGTGTTTA, ins_10462:A, ins_10483:GAT, ins_10501:T

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M15L

NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS1:L192M
  • NS1:I194V

NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:I49V
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K

NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

NS3

  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:I162M
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:S334T
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E

NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A
  • NS4A:P100S

NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

NS5

  • NS5:Q18Y
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:L197I
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:V230I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

env

  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159M
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T
  • env:I253V
  • env:L312A

prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73P
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
Deletions

NS4B

NS4B:28-30
Insertions

NS4B

ins_NS4B:22:ARETTLG

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