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LOC_000KBN7.1

unknown/LOC_000KBN7.1/unknown
L. Lu, F. Zhang, B. B. Oude Munnink, E. Munger, R. S. Sikkema, S. Pappa, K. Tsioka, A. Sinigaglia, E. Dal Molin, B. B. Shih, A. Guenther, A. Pohlmann, M. Beer, R. A. Taylor, F. Bartumeus, M. Woolhouse, F. M. Aarestrup, L. Barzon, A. Papa, S. Lycett, M. P. G. Koopmans & S. Riccetti

University of Edinburgh, Usher Institute

Sample details

Earliest release date
2023-02-15
Isolate name
Italy/2019/Verona/32.1

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

INSDC

NCBI release date
2023-02-15
NCBI update date
2023-02-15
INSDC accession

Submission details

Submission ID
OP561455.1
Submitting group
Date submitted
2026-07-29 14:30:19 UTC
Date released
2026-07-29 14:51:04 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Alignment and QC

Total SNPs
1933
Total inserted nucs
7
Total deleted nucs
22
Total ambiguous nucs
11
Total unknown nucs
1022
Total frame shifts
1
Frame shifts
env:489-491(nt:2431-2439)
Length
10328 (84.4%)
Amino Acid Mutations from founder clade
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS2A:F46L
  • NS2A:S192C
  • NS2A:A194V
  • NS2B:M88I
  • NS3:I450V
  • NS4B:V23T
  • NS4B:-28L
  • NS4B:-29G
  • NS4B:-30V
  • NS5:K190R
  • NS5:A298T
  • env:A51T
  • env:K71R
Variant
True

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C205T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
Deletions
2430, 6994-6996, 10393-10410
Insertions
ins_2439:T, ins_7006:TTGAGA

Amino acid substitutions

Substitutions called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

2K

  • 2K:M15L

NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T

NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:F46L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K

NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

NS3

  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS3:E439D
  • NS3:I506V
  • NS3:F509L
  • NS3:L537F

NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:V23T
  • NS4B:K24R
  • NS4B:N26T
  • NS4B:F27T
  • NS4B:S28L
  • NS4B:M29G
  • NS4B:G30V
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

env

  • env:A51T
  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159T
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:I253V
  • env:L312A

prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:V157I
Deletions
N/A
Insertions

NS4B

ins_NS4B:31:N

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