This is a demonstration environment. It may contain non-accurate test data and should not be used for real-world applications. Data will be deleted regularly.

LOC_000Q1YM.1

Italy/LOC_000Q1YM.1/2019
G. Zaccaria, D. Malatesta, L. Jurisic, M. Marcacci, G. Di Teodoro, A. Conte, L. Teodori, F. Monaco, V. Marini, C. Casaccia, G. Savini, A. Di Gennaro, E. Rossi, V. D'Innocenzo, N. D'Alterio, A. Lorusso, A. Polci, M. Ancora, M. Di Domenico & G. Mencattelli

Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise 'G. Caporale', Animals Foreign Diseases

Sample details

Collection date
2019
Earliest release date
2022-08-09
Sampling location
Italy
Isolate name
2019.TE.16245

Data use terms

Data use terms
OPEN

Data use terms history

ChangedUserData use terms
2026-02-21 14:54insdc_ingest_userOPEN
Data use terms URL

INSDC

NCBI release date
2022-08-09
NCBI update date
2022-08-09
INSDC accession

Host

Host

Submission details

Submission ID
MW862107.1
Submitting group
Date submitted
2026-02-21 14:54:02 UTC
Date released
2026-02-21 15:15:14 UTC

Lineage

Lineage
2

Files

Annotations

Alignment and QC

Total SNPs
2152
Total inserted nucs
6
Total deleted nucs
21
Total ambiguous nucs
3
Total frame shifts
1
Frame shifts
NS4B:31-33(nt:7006-7014)
Length
10305 (93.5%)

Nucleotide mutations

Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

Substitutions

  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • C255T
  • G261A
    • Deletions

    6994-6996, 10393-10410
    Insertions

    ins_7005:GTTGA, ins_7014:G

    Amino acid mutations

    Mutations called relative to the NC_009942.1 reference

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L

    • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:I46V
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I

    • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2A:I183V

    • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I

    • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS3:E439D

    • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A

    • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:R20K
  • NS4B:I21P
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T

    • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K

    • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100T
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A

    • env

  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159T
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • env:V232T

    • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
    • Deletions

    NS4B

    NS4B:28-30
    Insertions

    NS4B

    ins_NS4B:22:TRETTLG

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