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Display Name: Italy/LOC_000LSTE.1/2023-08-11
Monaco, F.; Valleriani, F.; Teodori, L.; Amatori, G.; Marcacci, M.; Savini, G.

Submission details

Submission ID
PP104356.1
Date submitted
2024-12-02 15:57:48 UTC
Date released
2024-12-02 16:04:57 UTC

Data use terms

Data use terms
OPEN
Data use terms URL

Authors

Author affiliations
Istituto Zooprofilattico Sperimentale 'G. Caporale', Viral Foreign Deseases of Animals

Alignment states and QC metrics

Completeness
99.12%
Frame shifts
NS4B:20-22(nt:6973-6981)
Length
10919
Total ambiguous nucs
0
Total deleted nucs
27
Total frame shifts
1
Total inserted nucs
14
Total SNPs
2229
Total stop codons
0
Total unknown nucs
0

Sample details

Collection subdivision level 1
EmiliaRomagna
Collection country
Italy
Collection date
2023-08-11
Collection date (lower bound)
2023-08-11
Collection date (upper bound)
2023-08-11
Isolate name
TE.21980.1.1

Host

Host name scientific
Culex pipiens
Host taxon id

INSDC

INSDC accession
NCBI release date
2024-02-02
NCBI update date
2024-02-02

Lineage

Lineage
2

Nucleotide mutations

Substitutions

  • C52T
  • A56G
  • C123T
  • G126A
  • G128A
  • A156T
  • T167G
  • G168A
  • T180A
  • T199C
  • C204T
  • C210T
  • C216A
  • G219A
  • G222C
  • A231T
  • T234C
  • C246T
  • Deletions
    6982-6985, 10447-10449, 10457-10462, 10467-10470, 10487-10494, 10904, 10921
    Insertions
    ins_10426:AAT, ins_10483:GTT, ins_6976:AC, ins_10501:T, ins_6972:AAGCC

    Amino acid mutations

    Substitutions

    2K

  • 2K:M15L
  • 2K:S19G
  • NS1

  • NS1:S9G
  • NS1:Y34F
  • NS1:Y35H
  • NS1:K44R
  • NS1:K51A
  • NS1:V71I
  • NS1:E94N
  • NS1:S99A
  • NS1:T105A
  • NS1:I113M
  • NS1:L123I
  • NS1:V135I
  • NS1:K141E
  • NS1:Q146A
  • NS1:L153M
  • NS1:K170R
  • NS1:V171I
  • NS1:S174T
  • NS2A

  • NS2A:M34I
  • NS2A:L38M
  • NS2A:I39L
  • NS2A:F46L
  • NS2A:S68A
  • NS2A:M90L
  • NS2A:N104S
  • NS2A:V112A
  • NS2A:H119Y
  • NS2A:R122K
  • NS2A:Q123N
  • NS2A:I124V
  • NS2A:L126S
  • NS2A:I129V
  • NS2A:A137S
  • NS2A:T147S
  • NS2A:T150N
  • NS2A:R167K
  • NS2B

  • NS2B:A41V
  • NS2B:S61T
  • NS2B:M88I
  • NS2B:V103A
  • NS2B:V120I
  • NS3

  • NS3:K11R
  • NS3:Q92H
  • NS3:F130Y
  • NS3:D172E
  • NS3:I175A
  • NS3:R203K
  • NS3:R215K
  • NS3:A233S
  • NS3:P249H
  • NS3:N253S
  • NS3:V283I
  • NS3:S302A
  • NS3:S331A
  • NS3:L336M
  • NS3:S347T
  • NS3:T356V
  • NS3:V384I
  • NS3:T436E
  • NS4A

  • NS4A:I6V
  • NS4A:K11R
  • NS4A:T64S
  • NS4A:M65L
  • NS4A:A85V
  • NS4A:V86I
  • NS4A:V89A
  • NS4B

  • NS4B:S11N
  • NS4B:F17L
  • NS4B:Q19H
  • NS4B:T116A
  • NS4B:I168V
  • NS4B:L180M
  • NS4B:L183M
  • NS4B:K193R
  • NS4B:I202T
  • NS5

  • NS5:Q18H
  • NS5:I33T
  • NS5:K45R
  • NS5:V49I
  • NS5:I78V
  • NS5:R101K
  • NS5:C139A
  • NS5:C140S
  • NS5:I162V
  • NS5:R177K
  • NS5:V181I
  • NS5:K190R
  • NS5:L197T
  • NS5:R224H
  • NS5:V229I
  • NS5:R247K
  • NS5:Y254F
  • NS5:R287K
  • capsid

  • capsid:S11N
  • capsid:V24G
  • capsid:S100I
  • capsid:K108T
  • capsid:T109A
  • capsid:I111F
  • capsid:A112T
  • capsid:V113I
  • capsid:M114L
  • capsid:I115L
  • capsid:S120C
  • capsid:V121A
  • env

  • env:A51T
  • env:E55D
  • env:T64S
  • env:K71R
  • env:D83E
  • env:R93K
  • env:S122T
  • env:I126T
  • env:R128W
  • env:T129I
  • env:L131Q
  • env:V159T
  • env:L167F
  • env:A172S
  • env:N199S
  • env:T205S
  • env:T208A
  • env:T210S
  • prM

  • prM:M44L
  • prM:D46E
  • prM:S57A
  • prM:A73S
  • prM:M112L
  • prM:V156A
  • prM:V157I
  • Deletions
    NS4B:23, NS4B:24, NS4B:28-32
    Insertions
    ins_NS4B:24:XTTLRV